Tres pasos y dos horas y media para detectar el coronavirus en el laboratorio

El previsor departamento hospitalario, viendo cómo se acercaba una epidemia que «llega para quedarse», en palabras del director del Centro Nacional de Gripe en Valladolid, José María Eiros, y que no había medios específicos para las pruebas con el nuevo coronavirus, adquirió 25 reactivos después del primer caso, el de una mujer china que, aunque dio negativo, activó el primer protocolo en Valladolid y en la región.

El pasado jueves, día del positivo vallisoletano, se habían terminado los reactivos. De hecho, los cinco investigados del entorno del ingeniero iraní enfermo e ingresado en este complejo asistencial ya fueron analizados en el Clínico al día siguiente de su hospitalización –todos negativos- y el caso de Segovia fue derivado al Centro Nacional de Microbiología del Instituto de Salud Carlos III de Majadahonda, en Madrid, que fue positivo. El Río Hortega analizó el pasado jueves cinco casos, el día que más, con los dos de Zamora, otros tantos de Palencia y el de Valladolid.

El laboratorio del Río Hortega detecta de forma habitual 16 virus respiratorios dado que, obviamente, la PCR múltiple implantada aún no ha incorporado el nuevo SARS-Co-2. «El Covid-19 aún no se ha incluido en los paneles diagnósticos habituales y tuvimos que recurrir a una PCR específica de este coronavirus. Igualmente teníamos que hacer una extracción previa de ácidos nucléicos», explica Marta Domínguez-Gil González.

Destaca esta farmacéutica especialista en Microbiología que, «los primeros días, solo teníamos disponible esta PCR nosotros en Castilla y León debido a que, ante la situación que parecía aproximarse, decidí buscar una que pudiera detectar este nuevo coronavirus. Hasta ahora las muestras han venido aquí, porque en la comunidad solo la teníamos nosotros disponible. Ahora se enviarán ya siempre al Centro Nacional de Gripe del Clínico».

Denominadas técnicamente pruebas PCR (por el acrónimo de inglés de Polymerase Chain Reaction, o reacción en cadena de la polimerasa, en español), los tests para facilitar la detección precoz del coronavirus analizan la secuencia genética de los virus que puedan tener los pacientes y permiten compararlos con el genoma del coronavirus SARS-CoV-2, que provoca la enfermedad ya bautizada como COVID-19.

Se trata de un exudado nasofaríngeo, es decir, una toma de muestra a través de la nariz hasta la parte alta de la garganta. Utilizando un hisopo o torunda, el enfermero lo introduce (como un bastoncillo) en ambos orificios nasales; de forma que la muestra se recoge en la faringe nasal y se rota dos o tres veces para tener una buena toma. Después deja la torunda dentro de la cavidad por un tiempo no inferior a cinco segundos para asegurar una absorción óptima y se agita bien en el interior del líquido que es el medio estabilizador y de transporte en el tubito para conseguir una buena dispersión del exudado obtenido. Ya está la muestra tomada al paciente, incluso en su casa.

El procedimiento general de extracción de ácidos nucléicos consiste en la disgregación de las células o tejidos, inactivación de las nucleasas intracelulares y en la separación de los ácidos nucléicos de los demás componentes celulares. Sobre la extracción se harán los PCR. Dura 50 minutos

Es un aparato que permite realizar los ciclos de temperaturas necesarios para una reacción en cadena de la polimerasa de amplificación de ADN que realiza ciclos de diferentes temperaturas para la reacción de antiflicación que permite detectar el virus. La reacción en cadena de la polimerasa es, pues, una técnica de laboratorio utilizada para amplificar secuencias de ADN. La temperatura de la muestra se sube y se baja repetidamente para ayudar a la enzima de replicación del ADN a duplicar la secuencia que está siendo copiada. Es como hacer fotocopias de los ácidos nucléicos para facilitar la detección del virus. Tarda una hora y 20 minutos.

Explica Marta Domínguez-Gil que «el tiempo necesario para tener un resultado es de 50 minutos para la extracción y una hora y 20 minutos tarda el termociclador. Entre preparar la muestra y añadir los reactivos aproximadamente en dos horas y media hemos tenido los resultados de este nuevo coronavirus».

Destaca esta microbióloga que, no obstante, todos los casos positivos se trasladan posteriormente al Centro Nacional de Microbiología en Majadahonda que, además de confirmar resultados, centraliza la incidencia española y está en contacto con las autoridades sanitarias europeas y con la Organización Mundial la de Salud (OMS).

Destaca asimismo que «puede haber tanto falsos positivos como falsos negativos» y que ello «depende, sobre todo, de la calidad de la muestra. Por eso es importante tener al personal sanitario bien formado, que sepa tomar una buena muestra, y profunda, de células epiteliales».

Domínguez-Gil recuerda que «las infecciones respiratorias víricas agudas son probablemente las enfermedades más frecuentes del ser humano y esta es una más». En cuanto a los coronavirus, «son ARN, y toman su nombre del aspecto de corona que presentan las proyecciones de las glucoproteínas de la envoltura al ser observados en el microscopio electrónico».

Explica asimismo que «el diagnóstico virológico podemos dividirlo en métodos directos de detección del virus en la muestra clínica que incluirían el cultivo, las técnicas de detección de antígeno y los métodos moleculares y los indirectos como la serología. Las técnicas moleculares como la amplificación genómica basadas en la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) están remplazando al cultivo celular como técnica de referencia, debido a su alta sensibilidad y especificidad, además de permitirnos dar un resultado en horas. En este tipo de técnicas aunque la calidad de la muestra es importante, es menos crítica que para el cultivo, ya que no es necesario que las células estén preservadas y el virus viable», destaca.

En la actualidad, «existe una variedad de ensayos comerciales de PCR múltiples que permiten la detección de los virus respiratorios, con una alta sensibilidad y especificidad».

Las pruebas para determinar si hay o no Covid-19 se han trasladado ya al Hospital Clínico de Valladolid, al ser referencia nacional en gripe, que centralizará las realizadas en Burgos, León y Salamanca, antes de derivarse al citado laboratorio de Majadahonda. El futuro muy posiblemente incluya en la rutina este virus junto a los 16 que ya determinan ambos hospitales vallisoletanos. El Río Hortega detecta en concreto: adenovirus, bocavirus, coronavirus OC43/NL63/229E, Enterovirus (HEV), metapneumovirus (HMPV), gripe A/B, parainfluenza (PIV) tipos 1/2/3/4, Virus respiratorio sincitial (RSV) A/B y rinovirus y tres subtipos de gripe A (H1, H1 pdm09 (pandémica del 2009) y H3.